Et si les sols froids de Scandinavie cachaient des formes de vie encore insoupçonnées ? Pour la première fois en Finlande, des scientifiques viennent de mettre au jour un virus géant, baptisé Jyvaskylavirus, qui pourrait bien changer notre compréhension de ces entités fascinantes, longtemps considérées comme simples parasites.
200 nanomètres de diamètre
L’équipe du Centre de nanosciences de l’Université de Jyväskylä a isolé ce virus à partir d’échantillons environnementaux, dans le cadre d’une étude publiée récemment dans la revue eLife. En exposant des cultures d’amibes (Acanthamoeba castellanii) à des prélèvements de sol, les chercheurs ont observé l’apparition d’un agent infectieux d’un genre particulier : une particule virale de 200 nanomètres de diamètre, soit deux fois la taille d’un virus de la grippe, et presque aussi grosse qu’une bactérie.
Si les virus géants ont été découverts pour la première fois au début des années 2000, leur diversité reste largement inexplorée. Le Jyvaskylavirus rejoint donc cette étrange famille dont les membres — souvent plus complexes et plus gros que la norme virale — bousculent les définitions classiques du vivant.
Un cousin finlandais du Marseillevirus
En analysant sa structure et son génome, les scientifiques ont découvert que ce virus était génétiquement apparenté aux Marseillevirus, une lignée de virus géants isolée pour la première fois dans une tour de climatisation à Marseille en 2009. Ces virus appartiennent à un groupe appelé les Marseilleviridae, qui infectent principalement des amibes et possèdent un génome d’environ 350 000 paires de bases, bien plus grand que celui des virus classiques.
Le Jyvaskylavirus partage avec ses cousins méridionaux un ensemble de gènes caractéristiques liés à la réplication, à la réparation de l’ADN et à des fonctions encore mystérieuses. Ces similitudes ont été mises en évidence grâce à un séquençage génomique complet, suivi d’analyses comparatives réalisées avec des bases de données internationales regroupant d’autres virus géants connus.
Cette parenté génétique inattendue entre un virus du nord de l’Europe et un virus du sud révèle des trajectoires évolutives surprenantes, peut-être dues à des mécanismes de dispersion encore mal compris. Il est possible que ces virus aient voyagé avec leurs hôtes microscopiques à travers le sol, l’eau ou même via des oiseaux migrateurs. Autre hypothèse : ils pourraient partager un ancêtre commun plus ancien qu’on ne le pensait, ce qui remettrait en question certains modèles de l’évolution virale.
Au-delà de la génétique, des similitudes morphologiques ont également été relevées : le Jyvaskylavirus possède une capside (enveloppe protéique) icosaédrique typique des Marseillevirus, et les images en microscopie à ions hélium ont montré un mode de fixation très semblable sur les cellules d’amibes.
Une présence bien plus répandue qu’on ne le croyait
Jusqu’ici, les virus géants avaient été principalement détectés en Europe de l’Ouest et en Amérique du Sud. Leur présence dans les sols nordiques montre qu’ils sont bien plus répandus qu’on ne le pensait. « Cette découverte suggère que les virus géants jouent un rôle écologique important même dans les environnements froids », souligne la professeure Lotta-Riina Sundberg, responsable de l’étude.
Et leur fonction pourrait être cruciale : régulation des populations microbiennes, influence sur les cycles des nutriments, voire interactions complexes avec d’autres micro-organismes. Ces acteurs invisibles pourraient pourtant jouer un rôle majeur dans l’équilibre écologique des sols et des milieux aquatiques.
Une biologie encore pleine de mystères
Outre leur taille impressionnante, les virus géants intriguent par leur complexité biologique : certains possèdent des centaines de gènes, certains capables de coder pour des fonctions que l’on ne s’attendait pas à trouver chez des virus, comme des mécanismes de réparation de l’ADN ou des outils métaboliques.
La découverte du Jyvaskylavirus ouvre donc la voie à de nouvelles questions sur l’évolution virale, sur la manière dont ces entités interagissent avec leurs hôtes — notamment les amibes — et sur leur origine encore débattue : sont-ils des vestiges de formes de vie cellulaires anciennes, ou des virus particulièrement évolués ?
Une chasse aux géants qui ne fait que commencer
Ce virus n’est peut-être que la partie émergée d’un iceberg biologique encore mal exploré. Les scientifiques finlandais ont également détecté d’autres virus géants dans leurs échantillons, encore à l’étude. Ce qui est sûr, c’est que les environnements froids, longtemps négligés, sont aujourd’hui considérés comme des réservoirs prometteurs de biodiversité virale.
Alors que notre regard sur les virus continue de s’élargir, le Jyvaskylavirus nous rappelle que le monde microscopique est loin d’avoir livré tous ses secrets — et que même sous nos pieds, dans une poignée de terre, peuvent se cacher des géants.
